Фамилия Кохужев — довольно редкая, и её происхождение уходит корнями в адыгскую (черкесскую) языковую среду. В основе лежит адыгское имя или прозвище Коху́ж (Къохъужь), которое состоит из двух частей: «ко» (къо) — «сын» и «хужь» — «белый», «светлый». В буквальном, архаичном смысле это могло означать «светлый сын» или «сын белого (знатного) рода». В адыгской антропонимии такие сложные имена не редкость, и они часто указывали на социальное положение или внешность родоначальника.

Суффикс -ев указывает на русскую модель оформления фамилии, характерную для регионов, где адыгские фамилии адаптировались к русской грамматике. В отличие от исконно русских фамилий на -ов/-ев, здесь он не передаёт значение «чей?», а служит формальным маркером фамилии. В самой Адыгее и Кабардино-Балкарии фамилия может писаться и произноситься как Кохужев или Къохъужь, без адаптации.

Географически фамилия Кохужев привязана к Северному Кавказу — в основном к адыгским народам (черкесам, кабардинцам). Предки носителей этой фамилии, скорее всего, были свободными общинниками или воинами-дворянами (уорками) в черкесском обществе, где прозвища, связанные с цветом или светом, нередко давали людям с заметной внешностью или высоким статусом. В отличие от многих русских фамилий, образованных от крестильных имён, Кохужев сохраняет память о доисламской и дохристианской культуре адыгов.

Встречается вариант написания с одной «ж» — Кожухов, но это уже результат искажения при записи в документах. Настоящая этимология цепляется за «хужь», а не за «кожух» (тулуп), поэтому связывать фамилию с русским словом «кожух» было бы ошибкой. Фамилия не имеет отношения к русскому ремеслу кожевников — её корни чисто адыгские.