Фамилия Коккузов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с русским, а с финно-угорским или тюркским корнем. Судя по конечному -ов, фамилия обрусела и получила стандартный патронимический суффикс, но исходное слово явно не из славянских языков.

Наиболее вероятная версия — от прозвища Коккуз, которое восходит к тюркскому «кок» (синий, голубой, небесный) и «куз» (глаз). В тюркских языках «коккуз» — человек с голубыми или светлыми глазами. Для южных и восточных регионов России, где смешивались славянские и тюркские племена, такое прозвище было понятным и заметным. Другая, менее распространённая гипотеза — связь с финно-угорским «kokko» (огонь, костёр) или «kukko» (петух), но звучание «Коккуз» ближе именно к тюркскому сложению.

Суффикс -ов в фамилии Коккузов указывает на то, что она образована от имени или прозвища отца: «чей?» — Коккузов, то есть сын Коккуза. Это типичная модель для русских фамилий, сформировавшаяся в XV–XVII веках, в основном у крестьян и служилых людей. Фамилия недворянская, без приставки «фон» или окончания -ский, что говорит о простонародном происхождении.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Уралу — зоне активных контактов русских с татарами, башкирами, чувашами. Встречается она редко, и сегодня её носители, скорее всего, потомки тех, кто получил прозвище за необычный цвет глаз, выделявший их в среде тёмноглазых соседей.