Фамилия Коковушкина — женская форма, а её мужской вариант Коковушкин. Редкая фамилия, которая почти наверняка ведёт происхождение не от имени, а от прозвища. В основе лежит слово «коковушка». В русских говорах, особенно северных и уральских, так называли кукушку. Слово звукоподражательное, образовано от «ку-ку» с типичным для народной речи переоформлением: «коковка», «кокушка», «коковушка».

Прозвище Коковушка могли дать человеку по разным причинам. Самая прямая — за голос или привычку. Если человек часто повторял одно и то же, монотонно говорил или, наоборот, имел звонкий, отрывистый смех, напоминающий кукование, его так и прозывали. Вторая версия — по поведению: в народной традиции кукушка ассоциировалась не только с одинокой женщиной (кукушка-вековуха), но и с беспокойным, не сидящим на месте человеком. Третья, более редкая, — связь с диалектным значением «коковка» — верхушка, макушка, набалдашник. В таком случае прозвище могло относиться к человеку с заметной причёской, шапкой или высоким ростом.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Коковушкин — сын или потомок Коковушки. Такая модель типична для прозвищ и имён, оканчивающихся на -а, -я. Фамилия недворянская, скорее всего крестьянская или мещанская. Географически её стоит искать на Русском Севере, в Вятке, на Урале или в Сибири — именно там зафиксированы говоры со словом «коковушка» в значении «кукушка». В центральных областях России встречается намного реже, что косвенно подтверждает северное происхождение.

Версия о происхождении от имени Коков (уменьшительное от Константин или Николай) маловероятна: такого имени в святцах нет, а суффикс -ушка характерен именно для прозвищной, а не крестильной модели. Так что перед нами типичный случай, когда фамилия хранит народное, диалектное слово, почти ушедшее из живого языка.