Фамилия Колмукиди — редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор начинается не с корня, а с суффикса. Окончание -иди выдает греческое происхождение: это типичный патронимический суффикс, который в новогреческом языке означает «сын такого-то» (аналог русского -ов/-ев). В русской среде такие фамилии закрепились за выходцами из греческих общин — прежде всего из Приазовья, Крыма и юга Украины, где компактно жили греки-румеи и урумы.

Основа «Колмук» не имеет прямого соответствия в современном греческом, и это ставит перед исследователем несколько версий. Самая вероятная — искажение или адаптация тюркского слова «колмук» (вариант «калмык»). В южнорусских говорах и в среде греков-переселенцев «колмуком» могли прозвать человека с раскосыми глазами или просто выходца из степей — так же, как в русских фамилиях появлялись Калмыковы, Татариновы или Ногаевы. Прозвище давали по внешнему сходству или по месту прежнего жительства, а при переходе в фамилию оно получило греческий суффикс.

Менее убедительна гипотеза о связи с греческим словом «колмуки» (κολμούκι) — так в некоторых диалектах называли короткую палку или дубину. Слово узколокальное, и вероятность, что оно стало основой для фамилии, невелика: прозвища по орудиям труда обычно давали ремесленникам, но в таком случае мы бы ждали иных суффиксов в греческой среде.

Географически фамилия Колмукиди почти не встречается за пределами бывшего Мариупольского уезда Екатеринославской губернии (современная Донецкая область Украины). Это область, куда в конце XVIII века переселили греков из Крыма. Многие греческие фамилии того региона — с окончанием -иди или -огло — сохранили память о прозвищах, которые давали в смешанной тюрко-греческой среде. Так что носитель фамилии Колмукиди с высокой вероятностью потомок грека-переселенца, получившего прозвище от соседей-кочевников или от собственной необычной внешности.

В написание фамилии на русском языке вмешалась обычная для XIX века путаница: в документах можно встретить варианты Колмукиди, Калмукиди и даже Колмокиди. Твердое «о» в первом слоге закрепилось, вероятно, под влиянием акающих говоров — на слух «калмук» и «колмук» звучали одинаково.