Фамилия Колодченко образована по распространённой восточнославянской модели с суффиксом -енко, который в украинской и южнорусской ономастике указывает на потомка по отцу: «сын Колоды» или «из рода Колоды». В основе лежит прозвище Колода, а суффикс -ченко возник в результате чередования согласных (д/ч) при присоединении -енко к основе, оканчивающейся на -д. Такая модель характерна для фамилий, которые окончательно закрепились в XVI–XVII веках, когда прозвище полностью вытеснило крестильное имя в документах и стало наследственным.

Что могло означать само прозвище Колода? Наиболее вероятная версия — профессиональная. Колодой на Руси называли чурбан, обрубок дерева, но в переносном смысле так могли прозвать мастера, работавшего с колодами: бондаря, выделывавшего долблёные ульи или корыта, плотника, рубившего срубы, либо даже человека, делавшего колодки для обуви. Менее распространённое, но возможное толкование — прозвище по характеру: «колодой» в народной речи иногда называли неповоротливого, медлительного или грузного человека. В словаре русских фамилий Б. Унбегауна и в работах В. Никонова подобные прозвища от названий деревянных предметов относятся к группе «профессионально-бытовых»: они возникали в среде ремесленников и крестьян, где человека часто называли по орудию труда или продукту его работы.

География фамилии Колодченко указывает на её украинское происхождение: суффикс -енко наиболее плотно бытует в центральных и восточных областях Украины, а также в прилегающих районах России — Курской, Белгородской, Воронежской областях, куда в XVII–XVIII веках переселялись украинские казаки и крестьяне. В реестрах Войска Запорожского встречаются носители прозвища Колода, что подтверждает связь фамилии с казачьей средой: колода в казачьем быту могла означать и примитивное судно-однодеревку, и бревно для укреплений.

Таким образом, фамилия Колодченко — типичная патронимическая фамилия украинского типа, образованная от прозвища, данного по ремеслу или, реже, по внешней черте. Носитель такой фамилии — потомок человека, которого в окружении знали как Колоду: скорее всего, мастера по дереву или, в казачьем контексте, человека, связанного с обустройством укреплений и лодок.