Фамилия Колоколкина образована от прозвища Колоколка. В его основе лежит нарицательное «колоколка» — так в олонецких говорах называли семенную коробочку конопли и льна. В старину коноплей крестьяне засеивали огород или поле, поскольку она считалась одним из лучших удобрений. Поэтому прозвище Колоколка, скорее всего, относилось к «профессиональным» именованиям, указывающим на род деятельности: предок мог выращивать лён или коноплю, обрабатывать их или торговать сырьём.

Лён-долгунец — древнейшая прядильная культура с более чем 9000-летней историей. До конца XVIII века льняное волокно занимало первое место среди экспортных товаров России, так что занятие было и распространённым, и важным. Прозвище Колоколка закрепилось за человеком как наиболее употребительное именование, а со временем легло в основу фамилии Колоколкин.

Фамилия образована по типичной русской модели: к основе на -а добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Колоколки). Суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на гласный (в отличие от -ов/-ев для основ на согласный). Таким образом, Колоколкины — потомки человека по прозвищу Колоколка.

Стоит отметить, что фамилия редкая и имеет чёткую региональную привязку к северным говорам — Карелия, Архангельская, Вологодская области. В других диалектах «колоколка» могла означать и колокольчик, и погремушку, но олонецкое значение точнее: оно прямо связано с крестьянским трудом и конкретным растением.