Фамилия Колошницын — редкий пример, когда корень слова сохранил почти забытое ремесло, а суффикс указывает на конкретную модель образования. В основе лежит слово «колошница». Так в северных и центральных губерниях России называли мастерицу, которая валяла или шила колоши — старинную крестьянскую обувь, нечто среднее между чунями и глубокими галошами из войлока или кожи. Прозвище «Колошница» могла получить женщина, занимавшаяся этим промыслом, а затем, по законам русской ономастики, оно перешло на её детей и внуков.

Суффикс «-ын» в фамилии указывает на притяжательную форму: Колошницын буквально значит «чей? — сын Колошницы». Это характерно для фамилий, образованных от прозвищ или профессий, оканчивающихся на -а (-я). В отличие от более распространённого суффикса «-ин», здесь работает твёрдый вариант, что встречается реже. Сравните: «Колошница» → «Колошницын», а не «Колошницин» — такое написание закрепилось из-за акающего произношения, где безударное «ы» звучало как «и», но на письме сохранялось историческое «ы».

Географически фамилия тяготеет к Вологодской, Архангельской и Костромской областям — регионам, где валяльный и кожевенный промыслы были развиты до середины XX века. Встречается она и в Сибири, куда переселенцы увозили с собой и прозвища, и ремёсла. В словарях Б. Унбегауна и В. Никонова эта фамилия не упоминается как типовая, что подтверждает её локальный характер и невысокую частотность.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: от слова «колош» — уменьшительного от «кол» (шест, палка). Но в этом случае фамилия звучала бы как «Колошин» или «Колошов». Форма с суффиксом «-ницын» надёжно привязывает фамилию к женскому ремеслу, что вообще нетипично для русского фамильного фонда — большинство профессиональных фамилий образовано от мужских занятий. Колошницын — одно из тех редких исключений, где родоначальником могла быть женщина-мастерица, чьё прозвище закрепилось за потомками на века.