Фамилия Колышницын — редкий пример, когда в основе лежит не мужское прозвище, а женское или нейтральное именование Колышница. Стандартная модель образования русских фамилий с суффиксом -ин указывает на принадлежность: Колышницын буквально значит «сын (или потомок) Колышницы». Чаще всего так называли жену или дочь человека по прозвищу Колышник, и со временем это «материнское» или «женино» именование закрепилось как фамильное.

Ключ к значению — слово «колышень». В говорах так называли зыбь на воде без ветра, а также боковой ветер, дующий поперек пути. Отсюда два основных варианта происхождения. Первый: Колышником могли прозвать человека непостоянного, «зыбкого» — того, кто колеблется, меняет решения. Второй, более конкретный: именование могли дать по обстоятельствам рождения — например, ребёнок появился на свет в ветреную погоду, когда дул «колышень». В народной культуре ветер считался стихией двойственной природы: и разрушительной, и благотворной. Родители могли назвать сына Колышником в честь этой силы, надеясь, что она станет его покровителем.

Фамилия редкая, её география не широка. Если судить по современным данным, носители встречаются в центральных и северных областях России, где слово «колышень» было в ходу. Обратите внимание на орфографический нюанс: в исходном тексте фамилия записана через И (Колышницин), но более логична и распространена форма с Ы — Колышницын, так как суффикс -ин присоединяется к основе на -иц (Колышниц-а → Колышницын). Вариант с И мог возникнуть из-за упрощения на письме или диалектного произношения.

Из однокоренных можно назвать фамилию Колышников — она образована напрямую от мужского прозвища Колышник, без посредства женской формы. Но Колышницын интереснее именно своей «матрилинейной» моделью, которая встречается реже и часто указывает на то, что в какой-то момент женщина — вдова или владелица двора — стала главой семьи, и её имя дало начало фамилии.