Фамилия Колышницин образована от именования Колышница, которое могла получить жена или дочь человека по прозвищу Колышник. Именование Колышник восходит к слову «колышень» со значением «зыбь водная, волненье без ветра», «боковой ветер в море, полветра, ветер поперек пути». Возможно, что в основе лежит слово «колышной», то есть тот, который «колеблется», «зыбает», «качает». Соответственно, Колышником могли прозвать человека, который не склонен к постоянству. Возможно и то, что именование Колышник получил человек, во время рождения которого дул ветер «колышень». В таком случае именование Колышник указывало на обстоятельства, которые сопутствовали рождению ребенка. Однако не исключено, что родители назвали ребенка в честь ветра, в надежде, что стихия ветра будет ему помогать в будущем. В народных представлениях ветры наделяются свойствами демонического существа, которое обладает как разрушительной, так и благотворной силой. По представлениям древних славян ветер обитает в местах далеких, таинственных и недостижимых. Так и прозвище Колышница закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Колышницын.