Фамилия Колышницына — вариант через «и» более распространённой формы Колышницын, и обе образованы по одной модели. В основе лежит прозвище Колышница, которое могла получить женщина — жена или дочь человека по прозвищу Колышник. Само слово «колышник» выводят от «колышень»: так в старину называли зыбь на воде без ветра или боковой ветер, дующий поперёк курса судна. Есть и другая нить — от прилагательного «колышной», то есть колеблющийся, шаткий, непостоянный. Отсюда и возможное прозвище человека, который не держался одного решения, менял настроение или род занятий.

Но у этой фамилии есть и более неожиданная, почти мифологическая версия происхождения. Прозвище Колышник могли дать младенцу, родившемуся в тот момент, когда дул ветер «колышень». В славянских верованиях ветер считался существом таинственным, живущим в недоступных местах, и обладал двойной природой: мог и разрушить, и помочь. Называя ребёнка в честь такой стихии, родители словно заручались её покровительством. Так прозвище, данное по случайному совпадению или с умыслом, закреплялось за человеком на всю жизнь, а потом переходило к его детям и внукам.

Фамилия Колышницына — одна из тех, что хранят память не о профессии или месте жительства, а о личной черте или событии. Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Колышницын — буквально «сын Колышницы». Форма с «ы» (Колышницын) встречается чаще, вариант через «и» (Колышницин) — результат упрощения на письме или диалектного произношения. О сословной принадлежности носителей фамилии точных данных нет: прозвище могло закрепиться и в крестьянской, и в посадской среде, где личные именования были особенно разнообразны.