Фамилия Колышницыны (в мужском роде — Колышницын) относится к числу русских фамилий, образованных от женского прозвища или имени. В основе лежит именование Колышница — так могли называть жену или дочь человека по прозвищу Колышник. Модель образования типична для русского Северо-Запада и некоторых центральных областей: если глава семьи носил прозвище Колышник, то его супругу или вдову в быту называли Колышница, а их потомки получали фамилию Колышницыны (суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Колышницын).

Прозвище Колышник, в свою очередь, восходит к слову «колышень». В говорах так называли зыбь на воде, волнение без ветра, а также боковой ветер, дующий поперек пути. Отсюда же и глагол «колыхать» — качать, колебать. Скорее всего, Колышником прозвали человека непостоянного, переменчивого, «зыбкого» нравом или же того, кто жил у открытой воды, где постоянно гулял ветер-колышень.

Есть и другая, более редкая версия: прозвище могли дать по обстоятельствам рождения. Если ребенок появился на свет в ветреную погоду, когда дул «колышень», его могли назвать Колышником — в надежде, что стихия ветра станет ему покровителем. В народных представлениях славян ветер считался существом двойственной природы: он мог нести как разрушение, так и благодать, а обитал, по поверьям, в местах далеких и недоступных.

Фамилия Колышницын — редкая. Встречается она преимущественно в центральных и северных областях России, что косвенно подтверждает связь с говорами, где слово «колышень» было в ходу. Суффикс -ицын (вместо более частого -ицын) указывает на форму от женского прозвища — такие фамилии нередко фиксировали положение вдовы или дочери в крестьянской среде.

Точное время и место возникновения фамилии установить сложно: процесс формирования фамилий у крестьян растянулся на несколько столетий, и окончательный ответ дают только генеалогические изыскания по конкретной семье. Однако ясно, что Колышницыны — носители редкого и выразительного прозвища, которое закрепилось в фамилии через женскую линию.