Фамилия Колышнев — наглядный пример того, как русская фамилия может быть образована от прозвища, связанного с конкретным действием или свойством характера. В основе лежит глагол «колышать» — диалектное слово, означавшее «качать, шатать, колебать». В некоторых говорах у него было и переносное значение: «медлить, колебаться в решении». Человек, которого прозвали Колышнем, мог быть либо тем, кто постоянно что-то раскачивает, трясёт (например, возница, укачивающий пассажиров плохой дорогой), либо, наоборот, человеком нерешительным, «шатким» в делах.

Суффикс -ев указывает на притяжательную модель: Колышнев буквально означает «сын Колышня» или «принадлежащий Колышню». Это типичная патронимическая фамилия, закрепившаяся в северных и центральных русских говорах, где слово «колышать» было в ходу. Интересно, что в некоторых регионах «колыша» могли называть также долговязого, неуклюжего человека — отсюда возможна вторая линия значения, связанная с внешностью.

Есть и менее очевидная версия, которую приводят ономасты: в основе может лежать не глагол, а существительное «колыш» — так в псковских и тверских говорах называли кол, дубину или короткое бревно. Тогда прозвище Колышень (с уменьшительным суффиксом) давали человеку крепкому, коренастому, «как кол». Однако эта гипотеза слабее: фамилия с суффиксом -нев обычно образуется от основ на -нь, а не от «колыш».

Сравнение с однокоренными фамилиями — Колышев, Колышкин, Колыхалов — показывает, что все они идут от одного корня, но с разными суффиксами и оттенками. Колышнев — самая редкая из них, что говорит о локальном бытовании: скорее всего, её носители происходят из одной местности, возможно, из Вологодской или Архангельской губерний, где диалектное слово «колышать» фиксируется в словарях. Сословного барьера у фамилии не было: её могли носить и крестьяне, и мещане, и служилые люди — прозвище не указывало на богатство или знатность, а лишь на характерную черту первого носителя.