Фамилия Колышева — женская форма, но в основе лежит мужское прозвище Колыш, от которого и пошёл род. Искать корень нужно в диалектной лексике: слово «колышка» (или «колыга») в разных областях означало совершенно разные вещи. В Вологодской губернии так называли воз сена или кучку навоза, в Тверской — двуколку (лёгкую повозку), в Рязанской — колыбель или детскую кроватку, а в Ярославской — лубяное лукошко.

Разброс значений подсказывает, что прозвище Колыш могло указывать на профессию или занятие предка. С равной вероятностью основатель рода мог быть сенокосцем, земледельцем, извозчиком, мастером по изготовлению детской мебели либо корзинщиком. То есть фамилия хранит память не просто о человеке, а о его конкретном ремесле, по которому его и опознали в быту.

Есть и вторая версия: от глагола «колыхать» — колебать, качать, волновать. Тогда прозвище Колыш давали человеку эмоциональному, зажигательному, способному влиять на настроение окружающих. Обе гипотезы лингвистически состоятельны, но первая (профессиональная) встречается в русских фамилиях чаще, так как ремесленные прозвища были более устойчивы.

Словообразовательная модель проста: к основе Колыш добавили патронимический суффикс -ев (вариант -ов после шипящих), получив фамилию Колышев. Это типичный для русских фамилий способ закрепить прозвище отца за его потомками. Поскольку фамилия образована от прозвища, а не от крестильного имени, она относится к древнему пласту «мирских» именований, которые на Руси давали в дополнение к церковному имени и которые со временем полностью вытесняли его в быту.