Фамилия Колышова — женская форма, а мужской вариант Колышов — отчество-притяжательное второго порядка, образованное по модели «чей сын?» с помощью суффикса -ов. Основа здесь — не имя и не ремесло, а прозвище или неканоническое имя Колыш. И вот тут начинается самое интересное: происхождение этого корня неочевидно, и у специалистов нет единого мнения.

Самая вероятная версия отсылает к глаголу «колыхать» — качать, колебать. В северных и центральных говорах «колышать» значило «шатать, раскачивать». Прозвище Колыш могли дать человеку с характерной походкой вразвалку, медлительному или, напротив, тому, кто постоянно покачивался, не стоял на месте. В этом же ряду — фамилии Колыхалов, Колышев, Колышкин, но у Колышова корень короче, без дополнительных суффиксов, что указывает на более древнюю, возможно, ещё двусоставную форму прозвища.

Менее распространённая, но допустимая версия — связь со словом «колышек» (уменьшительное от «кол»). Тогда Колыш — прозвище высокого и худого человека, «как колышек». В пользу этого говорит то, что в русской ономастике прозвища по внешности, образованные от названий предметов, — один из самых частых источников фамилий. Однако глагольная основа всё же встречается в фамилиях реже и потому интереснее.

Географически фамилия Колышов (и Колышова) тяготеет к центральным областям России, особенно к Рязанской, Тамбовской и Пензенской губерниям. В этих краях слово «колышать» было в ходу, и там же фиксируются ранние упоминания крестьян и однодворцев с таким прозвищем в переписных книгах XVII–XVIII веков. Значит, предки современных Колышовых — скорее всего, не дворяне, а вольные или служилые люди южного пограничья, пахари или однодворцы, чьё прозвище закрепилось в документах при формировании фамилий у непривилегированных сословий.

В написании фамилии нет вариативности: суффикс -ов однозначно указывает на русское, а не украинское или белорусское происхождение. Если встретится вариант Колышев — это уже другая фамилия, от имени Колыша (уменьшительного от Николая, по одной из версий). Колышов же остаётся в кругу прозвищных, «говорящих» фамилий, где за бытовым словом стоит живая черта человека из далёкого прошлого.