Фамилия Колышонкова — женская форма от мужской Колышонков. Её основа восходит к прозвищу или нецерковному имени Колышонок. В русской ономастике суффикс -онок (-ёнок) — типичный для восточнославянских фамилий, особенно распространённых на севере и северо-западе России, в Новгородской, Псковской, Архангельской землях. Он указывал на «младшего», «сына» или «ученика»: Колышонок — буквально «сын Колыша» или «маленький Колыш».

Корень «Колыш-» предположительно связан со словом «колышек» или глаголом «колыхать». Первая версия: прозвище Колыш могли дать человеку с прямой, как кол, осанкой, либо, напротив, тому, кто был «колышком» — низкорослым и плотным. Вторая версия — от «колыхать»: прозвище мог получить человек суетливый, подвижный, либо тот, кто качал колыбель, нянчил детей. В северных говорах «колышать» означало также «шатать», «раскачивать», что могло относиться к походке.

Модель образования фамилии через суффикс -онок и последующее добавление -ов (Колышонок → Колышонков) встречается реже, чем прямое присоединение -ов к основе. Это говорит о том, что фамилия формировалась в относительно позднее время, когда прозвище на -онок уже закрепилось как семейное имя. В документах XVII–XVIII веков на Русском Севере нередко встречаются крестьянские и посадские роды с такой схемой: сначала человека звали Колышонок, а его детей — Колышонковы.

Фамилия Колышонкова не относится к числу дворянских или широко известных. Её носительницы — скорее потомки крестьян или ремесленников из северных губерний. Встречаемость фамилии низкая, что делает её ценной для локальной генеалогии: в архивах Вологодской, Архангельской и Костромской областей можно найти следы этого рода по писцовым и переписным книгам. Если ваши предки носили эту фамилию, стоит искать их именно в тех краях, где «оканье» и суффикс -онок были в ходу.