Фамилия Колыжонкова — женская форма фамилии Колыжонков, и её разбор стоит начать с неочевидного суффикса. В русских фамилиях редко встречается элемент -онков, который обычно указывает на северные или вологодские говоры. Это вариант суффикса -онк- (уменьшительно-уничижительного или просто указательного), характерного для прозвищ и имён в северорусской традиции. Фамилии на -онков, -онковы типичны для Архангельской, Вологодской, Вятской губерний, где вместо литературного -еньк- или -оньк- говорили «Колыжонок» — человек из рода Колыж.

Основа «Колыж-» восходит к прозвищу или имени. Самый вероятный корень — диалектное слово «колыга», которое в северных говорах означало «кривой, изогнутый предмет», «колодка» или «неуклюжий человек». В словаре Владимира Даля «колыга» — это «кривуля, дуга, коряга», а также «неповоротливый, мешковатый человек». Прозвище Колыга могли дать либо по внешности (сутулый, хромой), либо по характеру (медлительный, упрямый). Менее вероятна связь с личным именем Николай (через просторечное Колыж — от Колыван, Колыша, но это редкая форма). Также не стоит исключать, что Колыжонков — это вариант фамилии Колыженков, где корень «колыж» мог означать «колыбель» или «зыбку» (в некоторых говорах «колыжка» — люлька), но такая трактовка менее подтверждена.

География фамилии узкая: по данным переписей и архивов, носители Колыжонковых встречаются преимущественно в Вологодской области и соседних районах Архангельской. Это типичная «северная» фамилия, образованная от прозвища через патронимический суффикс. В сословном отношении предки, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, так как в северных уездах редко встречалось дворянство, а фамилии на -онков закрепились в среде черносошных крестьян.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Колыганов, Колыгин, Колыжников — показывает, что все они вышли из одного гнезда, но Колыжонков выделяется редкой суффиксальной формой. Если вы встретите фамилию Колыжонков (или Колыжонкова) в современных справочниках, знайте: её носители — потомки людей из северной глубинки, которым прозвище Колыга дали за какую-то заметную черту — будь то корявая походка или медлительный нрав.