Фамилия Колыжонков — редкий пример, где прозвище, лёгшее в основу, почти не сохранилось в живой речи, а сама фамилия обросла сразу двумя суффиксами, что выдаёт её позднее и, скорее всего, северное происхождение. Разберём её по косточкам.

Корень здесь — «колыж(а)» или «колыж(он)». В русских говорах «колыга» — это не только загородка для скота, но и прозвище неповоротливого, неуклюжего человека. Встречается слово «колыжка» в значении «изгиб, кривуля» — так могли назвать кривоногого или того, кто ходит вразвалку. Вторая версия, менее вероятная, — от диалектного «колызить» (шалить, проказничать). Тогда Колыжонок — это озорник, но звучит натянуто.

Важнее суффиксальная цепочка. Сначала было прозвище Колыжон или Колыжа. Суффикс -он(ок) в северных и сибирских говорах часто обозначал молодого человека или сына: Колыжонок — «сын Колыги». Затем к этой форме добавили стандартный русский патронимический суффикс -ов, закрепивший фамилию за потомством. Получилось Колыжонков — буквально «сын Колыжонка». Такая двойная суффиксация типична для фамилий из бывших удельных княжеств и северных земель, где фамилии складывались позже, чем в центре.

Географически фамилия тяготеет к Вологодской и Архангельской областям, единичные случаи — в Кировской области. В дореволюционных переписях она встречается редко, что говорит о крестьянском или мещанском сословии: дворянские роды с таким окончанием обычно имеют более прозрачную этимологию. Ударение, судя по живым носителям, падает на второй слог: Колыжо́нков.

Известных исторических личностей с этой фамилией нет — она осталась в тени. Но именно такие фамилии ценны для локальной истории: они сохранили забытое прозвище и модель словообразования, которая в центральных губерниях уже отмерла к XIX веку.