Фамилия Кольжонков — редкий пример, где в основе лежит не имя и не профессия в привычном смысле, а сельскохозяйственная культура. Если разобрать её по косточкам, на поверхность выходит масличное растение — рапс, который в русских говорах называли кользой.

Прозвище Кольза давали человеку, который либо выращивал эту культуру, либо промышлял добычей масла из её семян. Фамилия пошла от этого прозвища, но не напрямую, а через уменьшительную форму: сначала, видимо, бытовало имя или прозвище Кольжонок (маленький Кольза, сын Кользы), а уже от него — стандартная фамилия на -ов. Чередование з/ж (Кольза → Кольжонок) — естественный для живой речи процесс, когда звук смягчается перед суффиксом.

Сам корень «кольз-» в русских говорах и диалектах имеет прямое отношение к рапсу и репсу. В словаре Даля «кольза» — это и есть рапс, Brassica napus oleifera. В XIX веке эта культура была важна не столько для еды, сколько для освещения: из кользы (рапса) делали дешёвое масло для ламп. Прозвище Кольза могло закрепиться за крестьянином, который сеял эту техническую культуру, либо за торговцем маслом.

Географически фамилия привязана к южнорусским и украинским землям, где рапс сеяли активно. Встречается она в документах по Курской, Воронежской губерниям, а также у донских казаков. Суффикс -онков вместо более привычного -ов или -ев — тоже региональная черта, характерная для фамилий, сложившихся в среде однодворцев и казачества Юга России.

Других версий происхождения, кроме как от названия растения, у фамилии Кольжонков нет — корень слишком прозрачен и не даёт повода для альтернативных толкований. Это не редкий случай, когда фамилия хранит память о крестьянском ремесле или агрокультуре, давно утратившей былое значение.