Фамилия Колонков — один из тех случаев, когда внешне прозрачная форма скрывает неожиданный выбор: за ней стоит не ремесло и не географическое название, а животное. Основа фамилии — «колонок», так в русских говорах называют хищного зверька из семейства куньих, дальнего родственника хорька и норки. Мех колонка, хоть и не такой ценный, как соболиный, широко использовался в крестьянском и мещанском быту — на воротники, шапки, детские шубы. Прозвище Колонок могли дать либо охотнику, промышлявшему этого зверя, либо человеку, чем-то напоминавшему его: юркому, верткому, с острыми чертами лица.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей сын?» — Колонков. Модель образования типична для русских фамилий второй половины XVI–XVII веков, когда прозвища на -ок активно переходили в фамилии. В отличие от фамилий на -ин (Колонкин), форма на -ов чаще встречалась в северных и центральных областях России, где зверёк был хорошо известен. В южных регионах колонка почти не водится, что может служить косвенной подсказкой для поиска корней рода.

В ономастике фамилия нечастая, в словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» она не упоминается, что говорит о её локальном бытовании. Встречается в основном в Поволжье и на Урале — в местах, где колонок был промысловым видом до XX века. Интересно, что фамилия не перешла в дворянские роды и не фиксируется в старых боярских списках: это чисто крестьянская или мещанская фамилия, образованная от прозвища, а не от канонического имени.

Есть и альтернативная, но менее вероятная версия: от прозвища Колонка — так в некоторых говорах называли столбик, колышек. Однако эта гипотеза слабая: прозвище по «столбику» встречается редко и не дало устойчивой фамильной традиции. Гораздо убедительнее зоологический корень, тем более что в русских фамилиях целая группа образована от названий пушных зверей: Куницын, Хорьков, Норкин, Горностаев. Колонков стоит в том же ряду, но заметно реже своих «собратьев».