Фамилия Колонкин образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: основа + суффикс -ин. Этот суффикс, как правило, указывает на принадлежность кому-то: «чей?» — Колонкин, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Колонка. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще возникали от основ на твёрдый согласный, -ин крепился к основам на -а/-я, поэтому здесь исходная форма — Колонка.

Что могло лежать в основе прозвища Колонка? Самое прямое объяснение — уменьшительное от слова «колонка». В русских говорах так называли не только водяную колонку или столбик, но и невысокого плотного человека, «столбиком». Возможна и связь с диалектным «колонок» — сибирским хищным зверьком из семейства куньих, похожим на хорька. Человек с таким прозвищем мог быть ловким, юрким или, наоборот, иметь рыжеватый цвет волос, напоминающий окраску меха. Встречается и версия, что Колонка — это вариант имени Колон, которое могло быть производным от канонического Никифор (в просторечии Колифор) или от греческого «колон» — часть тела, но это менее убедительно.

Суффикс -ин указывает на то, что фамилия сформировалась в центральных и северных землях Руси, где эта модель была особенно активна. В южных и восточных регионах чаще использовали -ов/-ев. География фамилии Колонкин сегодня не слишком широка: её носители встречаются в Поволжье, на Урале и в Сибири, что косвенно подтверждает возможную связь с сибирским зверьком-колонком — переселенцы могли получить такое прозвище в новых местах.

Сравните с однокоренными фамилиями: Колонков (с суффиксом -ов, вероятно, от той же основы, но из другого диалектного ареала), Колонский (дворянский или семинарский вариант, указывающий на местность). Колонкин же — фамилия более демократичная, крестьянская или мещанская, без претензий на знатность.

Таким образом, предки современного носителя фамилии Колонкин, скорее всего, получили своё родовое имя от прозвища, связанного либо с внешностью («столбик»), либо с повадками и внешним видом (сравнение с пушным зверьком), либо с профессией (человек, обслуживающий водяные колонки — но это уже более поздняя ассоциация).