Фамилия Колонин — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием -ин может скрываться неочевидная и запутанная история происхождения. Внешне фамилия выглядит как типичная «патронимическая»: от имени или прозвища Колоня (ср. Федя — Федин, Гриша — Гришин) плюс суффикс принадлежности -ин. Однако прозвище Колоний, от которого она образовалась, толкуют по-разному, и ни одна из версий не лежит на поверхности.

Первая и наиболее географически привязанная гипотеза выводит прозвище от гидронима — названия речки Колона (встречается и вариант Калана). Это правый приток Большого Чембара, протекающий в степной зоне, среди так называемых липягов — небольших лесных участков среди поля. Этимология самого названия речки спорна. Есть версия, что оно восходит к татарскому «колан» — «дикая лошадь» (кулан). Другая татарская версия — от «кёлле» («зола, зольный»), что могло указывать на цвет воды или пепелища по берегам. Менее вероятно, но возможно, что в основе лежит русское устаревшее слово «коломь» («окрестность, то, что около»), или же мордовское «кал» — «рыба». Если эта версия верна, то прозвище Колоний получил человек, живший на берегу этой речки, то есть Колонин — «сын того, кто с Колоны».

Вторая гипотеза отталкивается от слова «колония» в старом значении — «поселение иноземцев, выходцев из другой земли». В таком случае Колонием могли прозвать чужестранца, переселенца. Это объяснение простое и логичное, но требует допущения, что прозвище возникло в среде, где такие поселения были заметным явлением (например, в приграничных или поволжских районах).

Третья версия — самая редкая и связана с ботаникой. Слово «колона» обозначает род древовидных растений из семейства липовых. Из прочного волокна колоны вили канаты, а из коры делали текстиль. Если прозвище дали по роду занятий, то предок Колониных мог быть мастером по обработке этого растения — канатчиком или ткачом.

Какую из версий считать основной, сказать трудно. Фамилия Колонин не относится к числу массовых и широко распространённых, что говорит скорее о локальном, а не общерусском происхождении. Поэтому гидронимическая версия (от речки Колоны) выглядит чуть предпочтительнее: она привязывает фамилию к конкретному месту, что типично для русских фамилий, образованных от названий мелких рек и урочищ. Версия с «колонией» проще, но слишком обща. Ботаническая — возможна, но слишком специальна. В любом случае, фамилия Колонин — это не «колония» в современном политическом смысле, а след давнего прозвища, корни которого уходят в ландшафт, занятия или этническую историю предков.