Фамилия Кольжонковы (в мужском варианте — Кольжонков) образована от прозвища, а не от крестильного имени. Основа здесь — слово «кольза», так в русских говорах называли масличное растение, известное также как рапс или репс. Из семян кользы выжимали масло, поэтому прозвище Кольза мог получить либо крестьянин, засеявший поле этой культурой, либо тот, кто занимался производством растительного масла.

Словообразовательная модель фамилии нестандартна. В исходном прозвище Кольза произошло чередование согласных «з/ж» (Кольжа), а затем добавился суффикс -онк-. Такие суффиксы в русских фамилиях (обычно в форме -енк-, -онк-) характерны для украинской и южнорусской традиции, где они указывали на потомка: Кольжонок — сын Кольжи. Фамилии на -ков, в свою очередь, — это русифицированный вариант: Кольжонков значит «из рода Кольжонка». Таким образом, фамилия несёт следы контакта великорусского и малороссийского языков, что может указывать на происхождение из южных областей России или с исторической границы с Украиной.

Встречается ли фамилия в старых писцовых книгах или ревизских сказках — данных в открытых источниках мало. Однако модель образования позволяет предположить, что фамилия сложилась не раньше XVII века, когда прозвища активно переходили в наследственные именования. Поскольку растение кольза не было повсеместной культурой (её сеяли не во всех губерниях), фамилия остаётся довольно редкой и локально привязанной к районам, где занимались масличным промыслом.

Несмотря на кажущуюся простоту, у фамилии есть альтернативная версия происхождения, но она менее убедительна. Некоторые исследователи связывают основу с диалектным глаголом «кользить» (скользить, ехать по льду), однако в таком случае мы ожидали бы суффикс -ин- (Кользин), а не -онк-. Поэтому версия с растением выглядит предпочтительнее: она объясняет и чередование согласных, и суффиксальную модель, и хозяйственный контекст, в котором давались подобные прозвища.