Фамилия Копышонков — один из тех случаев, когда разбор суффиксов даёт больше информации, чем разбор корня. На первый взгляд основа кажется тёмной, но словообразовательная цепочка здесь прозрачна и типична для северных и центральных областей России.

Корень фамилии — «копыш-». В народных говорах глагол «копышиться» означал «шевелиться, возиться, копошиться». Прозвище Копыш могли дать человеку медлительному, который долго возится с делом, или, наоборот, суетливому, непоседливому — в зависимости от контекста. Встречается и диалектное «копышать» — дышать с трудом, пыхтеть, что тоже могло стать основой для прозвища, данного по характерной манере поведения или дыхания.

Главная особенность фамилии — её суффиксальная конструкция. Форма Копышонков образована не напрямую от прозвища Копыш, а через промежуточную ступень: сначала появилось отчество Копышонок (сын Копыша), а затем от него — фамилия Копышонков. Суффикс -онок/-ёнок в русских фамилиях характерен для северных регионов (Архангельская, Вологодская области) и некоторых районов Урала. Там так называли младших членов семьи или детей: Ивашонок, Федосёнок, Копышонок. Позже, когда отчество стало фамилией, к нему добавили стандартный патронимический суффикс -ов, закрепив форму множественного числа рода: «из семьи Копышонковых».

Таким образом, предок носителя фамилии — это человек по прозвищу Копыш, а его сына в деревне называли Копышонком. Фамилия закрепилась в том виде, в каком её записали в метрические книги, и не изменила окончания. Встречается она редко: по данным открытых телефонных справочников, основные носители живут в Кировской области и Пермском крае, что косвенно подтверждает северное происхождение модели на -онок.

С точки зрения социального статуса фамилия однозначно крестьянская. Никаких дворянских родов с таким окончанием не существовало — форма на -онков типична для государственных и помещичьих крестьян Русского Севера и Приуралья.