Фамилия Колцишор — редкий случай, когда географическое название целиком перешло в родовое прозвище, а затем и в фамилию. Её основа — молдавский топоним Колцишор (рум. Colțișor), что означает «маленький холм» или «бугорок». В Молдавии и на севере Румынии есть несколько сёл и урочищ с таким именем, и именно оттуда, скорее всего, пошёл род носителей этой фамилии.

Словообразовательная модель здесь нестандартна для русского языка. В отличие от привычных патронимических суффиксов -ов/-ев, -ин, -ский, фамилия Колцишор застыла в форме исходного топонима. Это характерно для молдавской и румынской ономастики, где фамилии часто образовывались напрямую от названия местности без дополнительных аффиксов. Человек, переехавший из села Колцишор, получал прозвище «Колцишор» — то есть «тот, кто из Колцишора». Позже прозвище закрепилось за его потомками как фамилия.

Разберём внутреннюю форму слова. Румынское colț означает «угол», «зуб», «выступ», а уменьшительный суффикс -ișor придаёт значение «маленький уголок» или «небольшой выступ». В топонимике это типичное описание рельефа: невысокий холм, выдающийся участок земли. Таким образом, фамилия хранит в себе не только указание на место, но и образ ландшафта — предок жил у заметного бугра или на возвышенности.

С точки зрения распространения, фамилия концентрируется в Молдавии и среди молдавской диаспоры в России и Украине. В русских метрических книгах XIX века она почти не встречается, что подтверждает её позднее вхождение в русскоязычную среду. Социальный состав носителей, вероятно, был крестьянским или мещанским — сельские жители, чьи фамилии образовались от названий родных деревень.

В написании возможны варианты: Колцишор, Колцышор, реже Колчишор. Последний вариант — результат ассимиляции звука «ц» в «ч» под влиянием южнорусских говоров. Единственно верная этимология — от румынского топонима; никакой связи со словом «кол» или «колоть» здесь нет, это ложная народная этимология.