Фамилия Колубкина — женская форма мужской фамилии Колубкин, и её разбор стоит начать с суффикса -ин. В русской ономастике этот суффикс указывает на принадлежность: Колубкин буквально означает «сын (или потомок) Колубки». Сама основа — прозвище Колубка — восходит к диалектному слову «колубка» или «колобка». В говорах русского Севера (архангельские, вологодские земли) так называли круглый хлеб, колобок, а иногда и полного, круглолицего человека.

Вероятнее всего, фамилия образована от прозвища по внешности. Предка, отличавшегося полнотой или округлыми чертами лица, могли прозвать Колубкой — уменьшительно-ласкательная форма от «колоб». Слово «колоб» в древнерусском языке означало «круглый, шарообразный предмет», и прозвище такого рода было распространённым в крестьянской среде. Менее вероятная, но возможная версия — связь с глаголом «колубаться» (качаться, переваливаться), что тоже могло относиться к походке или фигуре.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречались на юге и востоке, фамилии на -ин типичны для севера и северо-востока Руси. Колубкины, скорее всего, происходят из Архангельской, Вологодской или Пермской губернии. В переписях XVII–XVIII веков прозвища от «колоб» встречаются именно в этих регионах, хотя сама фамилия редкая: в современных справочниках — единичные носители, сосредоточенные в основном в Центральной России и Поволжье.

Фамилия Колубкин — яркий пример того, как бытовая деталь (форма хлеба) становилась личным прозвищем, а затем закреплялась в роду. Сравните с однокоренными Колобков, Колобов — они образованы от той же основы, но с разными суффиксами, что говорит о параллельном возникновении в разных говорах. У фамилии Колубкина нет дворянских корней: это стопроцентно крестьянская фамилия, и её носители, скорее всего, были хлебопашцами или ремесленниками Русского Севера.