Фамилия Колыньяк — редкий случай в русской ономастике, и её разговор стоит начать не с корня, а с суффикса. Окончание -як типично для западноукраинских и белорусских фамилий (сравните: Гуляк, Байрак, Костяк). В русской традиции такой суффикс встречается реже и часто указывает на прозвищное происхождение, а не на отчество. Поэтому первое, что можно сказать: носитель фамилии, скорее всего, выходец из западнорусских земель или с Украины.

Основа «Колын-» неочевидна. Самая прямая версия — от прозвища «Колыня» или «Колынь», которое могло быть производным от «кол» (заострённая палка, колышек). В таком случае прозвище давали человеку высокому, худому и прямому, как жердь. В говорах «колыня» могло означать и упрямца — человека, который стоит на своём, как вкопанный кол. Менее вероятно, но возможно, что в основе лежит диалектное «колынь» — вид рыбы или растения, но такие значения узколокальны и не закреплены в общих словарях.

Другой путь — от имени Каллиник (греч. «прекрасная победа»), которое в просторечии могло редуцироваться до Колыня, а затем обрасти суффиксом -як. Однако такая трансформация нехарактерна для русских фамилий (обычно давали бы Колынин или Колынев), поэтому эта версия слабее.

Географически фамилия тяготеет к Полесью и Волыни — там встречаются её следы в метрических книгах XIX века. В современной России она редка и сосредоточена в основном на юго-западе, что подтверждает её региональное происхождение.

Сословно фамилия не знатная. Суффикс -як в малороссийской среде часто получали крестьяне и казаки, а не дворяне. Никаких известных исторических личностей с такой фамилией нет, и это нормально: Колыньяк — фамилия-прозвище, которая родилась в сельской общине и закрепилась за одним родом без претензий на громкую историю.