Фамилия Комачкова — женская форма фамилии Комачков, и её происхождение стоит искать в мужском прозвище или имени, от которого она образована. Основа «Комач» или «Комачок» с большой вероятностью восходит к диалектному слову «комач» — так в некоторых русских говорах называли комара или мошку. Прозвище могли дать человеку маленького роста, вертлявому или надоедливому, либо, наоборот, тому, кто был особенно чувствителен к укусам насекомых. Суффикс -ов- в мужской форме Комачков — стандартный патронимический элемент, указывающий на принадлежность «сын Комачка» или «из семьи Комача».

Однако есть и другая, менее очевидная версия, которую стоит рассмотреть. В южнорусских и украинских говорах «комач» — это не только насекомое, но и растение, известное как комариный горошек или клевер луговой. Если прозвище дали по роду занятий, предок мог быть сборщиком трав, знахарем или крестьянином, чей участок земли славился этим растением. В таком случае фамилия Комачков — не по характеру, а по месту или ремеслу.

Ономастический словарь Б. Унбегауна не выделяет фамилию Комачков как отдельную, но модель с суффиксом -ов от прозвищ на -ач (ср. Толмачов, Рыбачов) типична для русского Севера и центральных областей. Встречаемость фамилии в современных базах данных невысокая, что говорит о её локальном бытовании: скорее всего, она закрепилась в одной или нескольких соседних деревнях, а не разошлась широко по стране. Сравнение с однокоренными фамилиями — Комаров, Комарин, Комарёв — показывает, что Комачков стоит несколько особняком: суффикс -ач придаёт основе уменьшительно-пренебрежительный оттенок (как «комарик»), а не просто указывает на насекомое.

Версия с прозвищем от «комач» как «комарик» кажется более правдоподобной, чем растительная, хотя бы потому, что прозвища по физическим или поведенческим чертам встречаются в русской антропонимии гораздо чаще, чем фитонимические. Как бы то ни было, предок носительницы фамилии был человеком, которого в деревне знали по этой характерной черте, и прозвище перешло в официальную фамилию при её оформлении в XIX веке.