Фамилия Комачков — редкий случай, когда при разборе приходится выбирать не между разными корнями, а между разными способами образования. В ней отчетливо слышна основа «комач», но вот что она означала — вопрос.

Самая прямая версия: прозвище Комач. В южных и западных говорах «комач» — это комар. Такая форма с суффиксом -ач характерна для украинского и белорусского языков (сравните «циган» — «циганач»). Человек мог получить такое прозвище за назойливость, маленький рост или высокий голос. Если так, то Комачков — это «чей-то сын» или «чей-то человек»: сын Комача, потомок Комача. Суффикс -ов здесь стандартный русский патронимический, который «пришили» к южнорусской или малороссийской основе.

Но есть и другой путь — через уменьшительное имя. В старых документах встречается имя Комак (от Кузьма или Косма). Комак — Команя — Команька, и на каком-то этапе мог появиться вариант Комачок. Тогда Комачков — это уже не от прозвища, а от «внука Комачка»: сын Комачка, где Комачок — ласкательная форма от Комак.

Спор решается просто: фамилия Комачков географически тяготеет к югу России и Украине, где «комач» = «комар» — слово живое и употребительное. Версия с именем Комак (Косма) возможна, но менее вероятна: таких фамилий на -чков, образованных от полных имён, почти нет, а вот прозвищных — сколько угодно.

В итоге: предок носителя фамилии был, скорее всего, южанином, которого в деревне дразнили Комачом. Возможно, звонким голосом или приставучестью. Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская, и в документах XIX века её носители встречаются в основном в Курской, Воронежской и Харьковской губерниях.