Фамилия Комаковы — не самый простой случай для этимолога. В ней сплелись как минимум две разные версии происхождения, и у каждой есть свои аргументы. Начнём с главного: основа фамилии — прозвище или личное имя Комак. Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования: «чей?» — «сын Комака» или «из семьи Комака».

Первая версия ведёт к тюркским языкам. Слово «комак» (или близкие к нему формы) в ряде тюркских наречий означает «крыса», «хомяк» или другое мелкое животное. В древнерусской и тюркской традиции имена, образованные от названий зверей, были обычным делом — они служили оберегами или указывали на внешнее сходство. В этом случае фамилия Комаковы — памятник восточного культурного влияния, которое ощущалось в южных и поволжских землях России.

Вторая версия связывает фамилию с северными регионами. Комаком (или комяком) в старину могли прозвать человека из народа коми. Такое прозвище по этническому признаку — распространённая практика: русские соседи нередко давали прозвища по названию племени или народности. Если эта гипотеза верна, корни фамилии — на севере европейской части России, в землях, где издавна жили коми.

Есть и третья, менее очевидная, но не менее интересная версия — от слова «комяга». Комяга — это грубо выдолбленная колода, корыто, а иногда и долблёная лодка-однодеревка. В лесных районах, особенно в центральной России, изготовление комяг было подсобным промыслом. Мастера, который делал такие колоды или пользовался ими, могли прозвать Комаком. Соответственно, фамилия могла указывать на ремесло или бытовую особенность предка.

В документах начала XX века фамилия встречается, например, в Воронежской губернии. Комаков Алексей Васильевич, родившийся там в 1909 году, в анкетах указан как русский. Это не опровергает ни одну из версий — южные губернии как раз были зоной активных контактов с тюркским миром, а переселенцы с севера тоже не редкость.

Какую из версий считать основной, без серьёзного генеалогического исследования не решить. Скорее всего, разные ветви рода Комаковых имеют разную историю. Для кого-то предком был тюркский «хомяк», для кого-то — выходец из народа коми, а для кого-то — лесной умелец с топором и колодой.