Фамилия Комакина — женская форма, а мужская, Комакин, образована с помощью типичного русского суффинкса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Комакин буквально значит «сын Комакова» или «человек из рода Комакова». Основа здесь — прозвище или некалендарное имя Комак.

Что такое «комак»? В русских говорах, особенно северных и сибирских, комаком называли комара или мошку. Прозвище Комак могли дать человеку за назойливость, худобу, мелкий рост или, наоборот, за то, что он «кусался» словом. Впрочем, есть и другая версия: в некоторых диалектах «комак» — это толстый короткий брус, чурбан. Тогда прозвище могло относиться к коренастому, плотному человеку. Оба значения — живые и бытовые, без книжной вычурности.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ак (как в «рыбак», «гуляка») дал яркую, часто простонародную окраску. Фамилии на -ак и -ак-ин нередки в среде крестьян и ремесленников: Кулаков, Рыбаков, Бородакин. Комакин стоит в этом же ряду — без претензий на дворянство, с прозрачной связью с природой или ремеслом.

Стоит отметить, что фамилия редкая. В исторических документах она не мелькает часто, что говорит о её локальном бытовании. Скорее всего, предки носителей фамилии жили в северных или центральных губерниях России, где слово «комак» было в ходу. Встречаются также варианты с другим ударением — КомакИн (на последний слог), что может указывать на иной диалектный источник, но основная масса носителей произносит фамилию с ударением на второй слог: КомАкин.

Таким образом, фамилия Комакина — это след прозвища, данного предку за внешность или характер. Никакой сложной этимологии: комак — либо комар, либо чурбан, и фамилия честно рассказывает о своём носителе без прикрас.