Фамилия Комахина происходит от мужского варианта Комахин. В её основе лежит мирское имя или прозвище Комаха. Чаще всего его связывают со словом «камаха» — так в старину называли насекомое червец, из которого добывали красную краску. Давая ребёнку имя Комаха, родители могли следовать древней славянской традиции: считалось, что природное имя сделает малыша «своим» для окружающего мира и передаст ему полезные свойства насекомого.

Однако есть и другая, не менее правдоподобная версия. Слово «камаха» имело и переносные значения — «краска» (особенно красная) и «лихорадка». Прозвище Комаха мог получить человек, который занимался изготовлением или продажей красителей, либо тот, кто переболел тяжёлой болезнью. Чередование гласных а/о в корне (Комаха вместо Камаха) объясняется влиянием «окающих» говоров русского языка, где безударное «о» произносится отчётливо.

Сама фамилия образована по стандартной восточнославянской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: Комахин — это потомок или свой человек Комахи. Такие именования встречаются у всех славянских народов, но особенно характерны для русских, украинцев и белорусов. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от названий профессий или качеств, фамилии на -ин чаще происходили от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я.

Таким образом, фамилия Комахина хранит память либо о древнем языческом имени, либо о прозвище, связанном с ремеслом или здоровьем предка. Дополнительных сведений о сословном происхождении или известных исторических носителях этой фамилии в открытых источниках нет.