Фамилия Комахин ведет начало от мирского имени или прозвища Комаха. В основе лежит нарицательное «камаха» — так в старину называли насекомое червец, из которого добывали красную краску. Если имя Комаха было мирским, родители давали его ребенку, чтобы природа воспринимала младенца как своего и передала ему полезные качества насекомого.

Но есть и другая версия. Прозвище Комаха могли дать взрослому человеку по роду занятий — изготовлению красок, либо по болезни: «камахой» в некоторых говорах называли лихорадку. Чередование гласных а/о в корне объясняется влиянием «окающих» говоров русского языка, где безударное «о» звучало как «а» на письме.

Фамилия образована по типичной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: Комахин — «сын Комахи». Встречается она преимущественно в центральных и северных регионах России, где окающие говоры были распространены. Среди однокоренных фамилий — Комахин, Комахов, Камахин, причем вариант через «а» в корне встречается реже и может указывать на более южное происхождение рода.