Фамилия Комахиных образована от прозвища или мирского имени Комаха. В основе лежит слово «камаха» — так в старину называли насекомое червец, из которого добывали красную краску. Отсюда у слова развилось и переносное значение — «краска», а в некоторых говорах так называли и лихорадку (по красному цвету лица больного).

Скорее всего, Комахой в крестьянской среде могли назвать человека, причастного к добыче или изготовлению красителей, — ремесло было заметным и давало прозвище. Реже, но возможно, что имя давали как оберег: считалось, что природа примет ребёнка за своего, если назвать его в честь насекомого. Чередование а/о в корне (Комаха вместо Камаха) — характерная черта «окающих» говоров, что может указывать на северное или восточное происхождение рода.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Комахин — «сын Комахи». Фамилия фиксируется в документах с XVII века, но точная дата и место её возникновения не установлены — процесс формирования фамилий у крестьян растянулся на столетия. Встречается фамилия в разных регионах, но чаще в Поволжье и на Русском Севере, где «окающий» говор был распространён.