Фамилия Комбаев — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, она тюркская по корню, а русское окончание -ев указывает на то, что фамилию адаптировали в русской среде, добавив стандартный патронимический суффикс («чей?» — сын Комбая).

Основа «Комбай» может восходить к тюркскому имени или прозвищу. Самый прямой разбор: «ком» (или «кём») в тюркских языках часто означает «пепел», «уголь», «горячий песок», а «бай» — «богач», «господин», «хозяин». Таким образом, имя Комбай могло значить «богатый пеплом» или «хозяин углей» — возможно, так прозвали человека, жившего на выжженной земле, либо углежога. В казахском и башкирском языках слово «ком» также связано с «хоронить», «зарывать», что даёт другой оттенок: «зарывающий богатство» или «скрытный хозяин».

Вторая версия — от тюркского мужского имени Кумбай, где «кум» — «песок». Тогда Комбаев — это искажённое в русской записи «сын Кумбая». Подобные переходы «у» в «о» под влиянием акающих говоров (когда безударное «о» произносят как «а») встречаются в фамилиях из южнорусских и поволжских регионов.

Географически фамилия Комбаев встречается в Оренбургской области, Башкортостане и Татарстане — именно там, где веками жили бок о бок русские и тюркские народы. Это не дворянская фамилия, а скорее крестьянская или казачья: её носителями были, вероятно, башкиры, татары или казаки, перешедшие на русскую фамильную модель в XVIII–XIX веках.

Сравните с однокоренными фамилиями: Комбаров (от «комбар» — вид рыбы или прозвище) и Кумбаев (более точная тюркская форма). Комбаев стоит особняком: у него нет суффикса -ар-, что исключает связь с инструментом или ремеслом. Это прямое отчество от личного имени, которое вышло из употребления.