Фамилию Комченко стоит разбирать с суффикса. Типичное украинское -енко (уменьшительно-патронимическое) в этой фамилии слилось с основой не напрямую, а через посредника — суффикс -к-. Получилась цепочка: корень + -к- + -енко. Такая модель встречается реже, чем просто «Корень + енко», и указывает, что прозвище или имя, от которого пошла фамилия, уже имело на конце -ко. То есть сначала человека звали Комко, а уже его потомки стали Комченко.

Само прозвище Комко могло возникнуть двумя путями. Первый — от слова «ком» в значении «комок», «ком земли». Так могли назвать плотного, коренастого человека или, наоборот, того, кто ходит «комом», неуклюже. Второй вариант — от глагола «комкать» (мять, сжимать). Прозвище Комка или Комко могли дать суетливому, торопливому человеку, который всё делает наспех, «скомканно». В украинских говорах слово «комкати» означает также «жевать», так что прозвище могло относиться к привычке или манере есть.

Менее вероятно, но не исключено, что в основе лежит крестильное имя. В православных святцах есть имя Косма (в народной форме Кузьма). Если от него образовали уменьшительное Комка (через перестановку или упрощение звуков), то Комченко — «внук Комки». Однако эта версия слабее: для Кузьмы типичнее фамилии Кузьменко, Кузенко, Козьмин.

В географическом плане фамилия Комченко тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Полтавщине, Черкасщине, Днепропетровщине. Там суффикс -енко в XVII–XVIII веках был основным способом образования фамилий у казаков и крестьян. В России эта фамилия встречается, но чаще всего как след переселенцев с Украины в XIX–XX веках.

Ударение в фамилии обычно падает на второй слог — Комче́нко, хотя в украинской традиции допустимо и на первый: Ко́мченко. Разница не принципиальна, оба варианта исторически оправданы.

Сословной принадлежности по фамилии не установить: Комченко — типичная крестьянская или казацкая фамилия, никаких дворянских ветвей с ней не связано. В ревизских сказках и метрических книгах XIX века носители фамилии числятся в основном как государственные крестьяне и казаки.