Фамилия Комченковы — один из примеров того, как прозвище, данное человеку, со временем закрепилось за его потомками. В основе фамилии лежит прозвище Комочек. В старину так могли назвать по разным причинам: либо за маленький рост и невысокую фигуру (человек «с комочек»), либо за неопытность и неуклюжесть — по пословице «Первый блин комом». В обоих случаях прозвище было обиходным и не несло резко отрицательного смысла, скорее описывало внешность или характер.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. От прозвища Комочек сначала образовалась форма Комченко — с уменьшительно-ласкательным суффиксом -енко, который характерен для восточно-украинских земель. Затем, при адаптации в русской среде, к основе добавился типичный русский патронимический суффикс -ов, что дало фамилию Комченков. Такая двойная суффиксация (сначала украинский -енко, потом русский -ов) встречается нечасто и указывает на то, что предки носителей фамилии могли переселиться с Украины или южнорусских областей в центральную Россию, где фамилия «обрусела» по форме.

Существует и другая, менее очевидная версия. В старину бытовало слово «комяжник» — мастер, делавший корыта и долбленую деревянную посуду (комяги). Если прозвище было дано по ремеслу, то со временем оно могло преобразоваться в Комяк, Комячок, а затем и в Комченко. Но эта версия менее вероятна, так как цепочка получается длиннее и менее естественной для устной речи: от «комяжник» до «Комченков» — несколько промежуточных звеньев, которые не зафиксированы в документах.

Точное место и время возникновения фамилии установить сложно: процесс формирования фамилий на Руси был долгим и растянулся на несколько веков. Однако характер суффиксов говорит о том, что окончательный вид фамилия приняла не раньше XVII–XVIII веков, когда украинские фамилии на -енко начали массово адаптироваться в русской письменности.