Фамилия Комигунов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы разобраться, нужно отбросить первое впечатление и посмотреть на словообразовательную модель. В русских фамилиях суффикс -ов указывает на принадлежность, отчество: Комигун — это прозвище, от которого и пошла фамилия. Вопрос в том, что означало это прозвище.

Скорее всего, основа «комигун» — это искажённое или диалектное слово. Напрашивается связь с коми-зырянами (народ финно-угорской группы). В северных и уральских говорах «коми», «комяк» — прозвище человека из народа коми. Вторая часть, «гун», может быть вариантом слова «гунь» или «гуня» — в старых русских говорах так называли старую, худую одежду, рубище, а также неряху или неопрятного человека. В этом случае Комигун — сложное прозвище, которое давали либо выходцу из коми, который ходил в плохой одежде, либо человеку, который по поведению или внешности напоминал такого «коми-неряху». Не исключено, что прозвище носило ироничный или насмешливый оттенок.

Есть и более прямолинейная версия: «комигун» могло быть местным, локальным вариантом слова «кумагун» или «кумачун» — так в некоторых регионах называли скупого, жадного человека (от тюркских корней). Однако эта гипотеза слабее, так как звуковой переход «кума» -> «коми» неочевиден без письменных фиксаций.

Фамилия Комигунов почти наверняка имеет северное или уральское происхождение. В Архангельской, Вологодской, Пермской губерниях, где контакт с коми-зырянами был повседневным, такие прозвища возникали естественно. Носители фамилии — скорее всего, потомки крестьян или посадских людей, получивших прозвище по этническому признаку или по внешнему виду. Фамилия недворянская, не аристократическая, что типично для прозвищ, образованных от бытовых реалий.

В написании фамилии возможны варианты: Комигунов и Комигунов — ударение, скорее всего, падает на последний слог (Комигуно́в), как в большинстве фамилий на -ов. Встречается она крайне редко, и её носители — это, в основном, жители центральной России и Поволжья, куда фамилия могла мигрировать с Севера в ходе внутренних переселений.