Фамилия Камигунов — редкий случай, когда основа не бросается в глаза даже носителю языка. Причина в том, что корень здесь, скорее всего, не славянский, а тюркский. Если отбросить типичный русский суффикс принадлежности -ов, остаётся основа «Камигун». Самая вероятная версия возводит её к тюркскому имени или прозвищу Камыгун, которое в свою очередь связано с древнетюркским словом «камыг» — «всеобщий, общий, весь». В ономастике тюркских народов такие имена давали, например, с пожеланием, чтобы ребёнок был «общим», то есть любимцем всего рода или общины.

Менее распространённая, но имеющая право на существование гипотеза выводит фамилию из другого тюркского корня — «камыш» (тростник). В этом случае «Камыгун» могло быть прозвищем человека, жившего у зарослей камыша или занимавшегося его заготовкой. Фонетический переход «ш» в «г» в тюркских диалектах встречается, хотя и не повсеместно, что делает эту версию более спорной.

Сама модель образования — тюркская основа плюс русский патронимический суффикс -ов — типична для фамилий, возникших в зонах активного русско-тюркского контакта: в Поволжье, на Урале, в Сибири или в южных степных регионах. Фамилия Камигунов могла появиться, когда русского человека или крещёного татарина записали по отцу, носившему прозвище Камигун. Встречается она редко, что косвенно подтверждает её локальное происхождение — возможно, от одной конкретной семьи, которая и закрепила эту фамилию в документах.

В написании фамилии обращает на себя внимание буква «и» после «к». В тюркских языках гласные первого слога часто тяготеют к «а» или «ы» (сравните: Камалетдинов, Камышев). Вариант «Камигунов» с «и» мог закрепиться из-за особенностей местного говора или ошибки писаря при записи в метрической книге. Такие фонетические сдвиги — обычное дело для фамилий, прошедших устную передачу до фиксации на бумаге.