Фамилия Комишник — яркий пример того, как прозвище по профессии или характерному занятию закрепилось в качестве родового имени. Её основа — украинское или южнорусское слово «комишник». Так называли человека, который делал или продавал комиши — так в южных говорах называли тростник, камыш, а также плетёные из них изделия: циновки, корзины, маты для крыш. Слово «комиш» (вариант — «комыш») восходит к тюркскому kamyš (камыш), и в украинском языке оно закрепилось именно в этой форме. Таким образом, предок носителя фамилии был ремесленником, работавшим с камышом, или жил в местности, где этот промысел был распространён.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ик указывает на лицо по роду деятельности (ср. гончар — гончарник, бондарь — бондарник). К основе «комиш» добавили -ник, и получилось прозвище Комишник — «тот, кто имеет дело с комишем». Фамилия закрепилась в форме без дополнительных патронимических суффиксов (-ов, -ин), что характерно для украинской ономастики, где прозвища часто переходили в фамилии напрямую. В русском языке фамилия могла быть русифицирована до Комишников, но исходный вариант Комишник сохранил свою прозрачную внутреннюю форму.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине — регионам, где камыш был обычным строительным и поделочным материалом: степное Приднепровье, Приазовье, Кубань. Встречается она нечасто, что неудивительно: промысел был локальным, а само слово «комиш» в литературном русском языке вытеснено общеславянским «камыш». В словарях украинских фамилий (например, у Ю. Редько) подобные образования на -ник описываются как характерные для ремесленных прозвищ. Фамилия Комишник — редкий случай, когда профессия, почти исчезнувшая вместе с традиционным хозяйством, осталась жить в родовом имени.