Фамилия Комишний — редкий случай, когда географическая привязка оказывается важнее, чем корень. Её носители почти поголовно происходят с территории современной Украины, особенно из центральных и левобережных областей. В основе фамилии лежит украинское слово «комиш» — так называют тростник, камыш. Прозвище Комишний могли дать человеку, жившему в зарослях камыша у реки или болота, либо занимавшемуся заготовкой тростника для крыш или плетня. В украинских говорах слово известно в формах «комиш», «комыш», что прямо перешло в фамильное прозвище.

Модель образования типична для украинской ойконимической и прозвищной традиции: суффикс -н(ий) указывает на признак или отношение к чему-то. То есть Комишний буквально означает «камышовый», «тростниковый». В русской среде такая фамилия была бы переделана в Камышов или Камышев, но украинская огласовка сохранила корень «комиш» и суффикс прилагательного, что и отличает её от более частых аналогов.

Встречаются также варианты написания: Комышний, Комішний (с украинской літерою і), а иногда и Комишный — с русским окончанием. Последний мог возникнуть при переселении носителей в регионы с русским делопроизводством. Фамилия не относится к числу дворянских или распространённых в высших сословиях — это типичное сельское прозвище, закрепившееся в крестьянской среде Гетманщины и Слобожанщины. В современных украинских фамилиях встречается редко, но сохранилась в Черкасской, Полтавской и Харьковской областях.

Споров о происхождении практически нет: корень прозрачен, альтернативные версии (например, от тюркского «комыш» — «буйвол» или от личного имени Комиш) не имеют ни фонетической, ни документальной опоры. Фамилия Комишний — наглядный пример того, как ландшафт и быт определили прозвище, которое затем стало наследственным именем рода.