Фамилия Комышний — редкая, и её происхождение неочевидно. Чтобы понять, откуда она взялась, нужно смотреть на суффикс и возможные диалектные корни.

Модель образования здесь — суффикс -ий. В русских фамилиях он встречается реже, чем -ов или -ин, и обычно указывает на притяжательность или прозвищный характер: чей? — Комышний. Чаще всего такие формы возникали на юго-западе России, в украинских и белорусских землях, где суффикс -ий (или -ый) в фамилиях был распространён шире (сравните: Толстый, Борзых, Кривой). Это первая зацепка: фамилия могла сложиться в среде, где говорили на украинском или смешанном говоре.

Основа — Комыш- — скорее всего, связана с диалектным словом «комышь» или «комыш». В южнорусских и украинских говорах «комиш» или «комыш» — это тростник, камыш. Переход «камыш» в «комыш» — фонетическое явление, характерное для некоторых регионов (аканье или местное произношение). Таким образом, фамилия могла быть прозвищем человека, жившего у зарослей камыша, либо того, кто занимался заготовкой тростника для крыш или плетения.

Есть и более редкая версия: основа может восходить к слову «ком» (комок, ком земли) или к глаголу «комшить» (мять, комкать). Но она менее вероятна, потому что прозвище «Комышний» от «камыша» встречается в документах XVII–XVIII веков на территории Слобожанщины и Черниговщины — там, где фамилии на -ий фиксировали у казаков и крестьян.

Фамилия не получила широкого распространения, поэтому её носители — скорее всего, потомки одной или нескольких семей из южных областей России или востока Украины. В современных справочниках Комышний не упоминается среди дворянских родов, что указывает на крестьянское или казачье происхождение. Написание с буквой «ы» в корне (вместо «камыш») — ещё одно подтверждение диалектной или старой орфографической нормы, когда звук передавали на слух.