Фамилия Комышенко — яркий пример украинской модели фамилии, образованной с помощью патронимического суффикса -енко. Этот суффикс, распространённый на Левобережной и Слободской Украине, а также в южнорусских областях, буквально означает «маленький» или «сын». Таким образом, Комышенко — это «сын Комыша». Основа фамилии — прозвище Комыш.

Прозвище Комыш, в свою очередь, почти наверняка связано со словом «комыш» — южнорусским и украинским диалектным названием камыша, тростника. В украинском языке литературная форма «комиш» закрепилась именно за камышом. Человек мог получить такое прозвище по месту жительства — в зарослях камыша, у болотистой реки, или по занятию — например, он мог быть строителем, крыл крыши камышом, или же это была внешняя черта: высокий, худой, «тростинка».

Версия о происхождении от тюркского «комыш» («кумыс») или от имени Комы (сокращённое от православного имени Косма) возможна, но менее объяснима с точки зрения бытовой логики. Диалектное «комыш» как «камыш» даёт самую прямую и прозрачную мотивировку, и в украинской ономастике это типичная модель для «растительных» фамилий.

Фамилия Комышенко практически не встречается в центральных великорусских губерниях, зато фиксируется в исторических документах Полтавщины, Черниговщины и Харьковщины. Носители фамилии, скорее всего, происходят из казацкой или крестьянской среды Гетманщины, где фамилии на -енко в XVIII веке уже были массовыми и закрепились наследственно. Встречаются и более редкие варианты написания — Комышено, а также однокоренные Комыша, Комышев, Комышов, которые могли возникнуть при переходе в русскую канцелярскую традицию.