Фамилия Комышняя — редкий случай, когда географическая привязка очевиднее, чем этимология корня. Если суффикс -ня/ -няя указывает на принадлежность к местности (типичная модель для южнорусских и украинских фамилий вроде Дубовня, Ольховня), то основа «Комыш-» заставляет задуматься. Самое прямое объяснение — от слова «комыш», диалектного варианта «камыш». В южных говорах (кубанских, донских) «комышом» называли тростник, камыш. Тогда Комышняя — человек, живший у зарослей камыша, либо прозвище по занятию: тот, кто косил или крыл крыши камышом.

Но есть и вторая версия, менее очевидная. В некоторых говорах «комышать» означало «медлить, копаться». Прозвище Комыша могли дать нерасторопному, вялому человеку. Тогда фамилия образована по той же модели: Комыша + суффикс -н- + окончание -яя, то есть «из семьи Комыши». Оба варианта правдоподобны, но первый (от камыша) встречается чаще: фамилия Комышняя и её варианты (Комышев, Комышов) сосредоточены на юге России и Украине, где камыш — типичный ландшафтный элемент.

Обратите внимание на окончание -яя. Это не типичная русская фамилия на -ов/-ев, а адъективная форма, как у фамилий Толстая, Ближняя. Такие фамилии в старину давали по названию хутора или урочища: «Комышняя» могла означать «та, что с Комышного хутора». В ревизских сказках и метриках XIX века подобные формы нередко встречаются у однодворцев и государственных крестьян южных губерний.

В словарях фамилия не упоминается у Унбегауна или Никонова — это редкий локальный вариант. Если ваши предки носили фамилию Комышняя, скорее всего, их корни — в Воронежской, Курской, Ростовской областях или в восточной Украине.