Фамилия Комкинов образована от прозвища Комка. В её основе лежит слово «ком» — в старину так называли что-то сбитое, спрессованное в плотный округлый кусок: ком земли, ком снега, ком глины. Прозвище Комка могли дать человеку плотного, коренастого телосложения, а иногда — неуклюжему, неловкому. В словаре В. И. Даля зафиксирован и глагол «комкать» — мять, сбивать в комья, так что прозвище могло относиться к тому, кто мял, например, глину или тесто. Впрочем, в некоторых говорах «комкой» называли скупого или прижимистого человека, который «комкает» каждую копейку.

Суффикс -ин- указывает на типичную русскую модель образования фамилий от прозвищ, оканчивающихся на -а, -я: Комка → Комкин → Комкинов. Двойной суффикс (-ин + -ов) встречается реже, чем просто -ин, и обычно свидетельствует о том, что фамилия прошла дополнительную унификацию. Первоначально в документах мог записать Комкин, но позже, по аналогии с массой фамилий на -ов, появился вариант Комкинов. Такое «наращивание» суффикса — явление нередкое в русской антропонимии XVI–XVII веков, когда переписчики стремились привести фамилию к более привычному звучанию.

Географически фамилия тяготеет к центральным и поволжским областям России. В писцовых книгах XVI–XVII веков встречаются крестьяне с прозвищем Комка и фамилией Комкин, особенно в Нижегородском и Костромском краях. Комкиновы — скорее всего, потомки тех же родов, чья фамилия оформилась чуть позже. Сословно это почти наверняка крестьянская или посадская фамилия: в дворянских родословных книгах она не зафиксирована.

Стоит упомянуть и редкую, но возможную связь с ремеслом. В некоторых местностях «комком» называли комоватую, невыделанную кожу, а «комкарями» — кожевников, работавших с грубой кожей. Если предок занимался кожевенным делом, прозвище Комка могло закрепиться за ним по профессии, а затем перейти в фамилию. Однако эта версия менее распространённая, чем прозвище по внешности или характеру.