Фамилия Комнковы (мужской вариант — Комнков) образована от прозвища Комнко. Его основа — древнерусское слово «комн», которое имело два основных значения: «конь» и «камень». Эта двойственность открывает сразу несколько версий происхождения фамилии.

Если корень связан с конём, прозвище Комнко мог получить конюх, человек, ухаживающий за лошадьми. В переносном смысле так могли назвать выносливого, работящего человека — по аналогии с лошадиной силой и терпением. Если же в основе лежит значение «камень», прозвище могло принадлежать каменщику или строителю. Кроме того, «каменным» на Руси называли человека твёрдого нрава, непоколебимого и сурового, либо физически очень сильного.

Суффикс -ко в прозвище Комнко характерен для древнерусских уменьшительно-ласкательных или обиходных форм имён и прозвищ. Такие формы были особенно распространены на юго-западных землях (территории современной Украины и Белоруссии), а также в некоторых областях центральной России. В дальнейшем прозвище закрепилось как фамильное имя: притяжательный суффикс -ов добавил значение «сын Комнко» или «принадлежащий Комнко».

Однокоренных фамилий в русском языке немного, что говорит о редкости исходного прозвища. Можно встретить фамилию Комнев, где основа та же, но суффикс иной. Есть и фамилия Комнин — она восходит к греческому роду, но звуковое сходство с Комнков случайно.

Точное время возникновения фамилии Комнков установить сложно. Массовое закрепление фамилий у крестьян и мещан произошло в XIX веке, но отдельные случаи могли быть и раньше. Окончательный вывод о месте и времени происхождения требует обращения к конкретным генеалогическим документам и архивным записям.