Фамилия Комочкина образована от мужского прозвища или имени Комочка, а оно, в свою очередь, — от слова «комок». В русских говорах «комком» могли называть плотного, коренастого человека, «сбитого» в плечах, или, наоборот, того, кто ходит вперевалку, «комом» переваливается с ноги на ногу. Встречалось и переносное значение: «ком» — нечто неловкое, неуклюжее, так что прозвище могло закрепиться за медлительным или нерасторопным человеком.

Модель образования типична для северных и центральных регионов России: суффикс -ин указывает на принадлежность «чей?» — сын Комочки, то есть Комочкин. Ударение в фамилии падает на второй слог: Комо́чкина, что сохраняет интонацию исходного прозвища. Женская форма Комочкина — это вариант мужской фамилии Комочкин, закрепившийся за женщинами по правилам русской грамматики.

В ономастических справочниках фамилия не относится к числу частых, но её однокоренные «собратья» — Комков, Комов, Комочков — встречаются шире. Словарь Б. Унбегауна относит такие фамилии к группе, образованной от прозвищ, связанных с внешностью или физическими особенностями. Спорных версий у Комочкина нет: варианты вроде связи с «комом» земли или снега — лишь конкретизация того же образа.

В сословном отношении фамилия могла принадлежать как крестьянам, так и мещанам: прозвищная основа не указывает на дворянское происхождение, а суффикс -ин типичен для непривилегированных слоёв. В документах XVIII–XIX веков Комочкины встречаются в основном в Тверской, Ярославской и Вологодской губерниях — регионах, где диалектное слово «комок» было в ходу.