Фамилия Комочкова — женская форма, а мужская, Комочков, образована по стандартной для русского севера и центра модели: основа + суффикс -ов. Суффикс указывает на принадлежность: Комочков буквально значит «сын Комочка» или «человек из семьи Комочка». Прозвище Комок, от которого всё пошло, в старину давали человеку невысокому, плотному или круглолицему. В говорах «комок» — это и небольшой клубок, и сбитая масса чего-либо, и даже вид квашеного теста. Прямая аналогия — фамилии Клубок, Клубочков, Клубков, но у Комочковых основа более уменьшительная и ласкательная.

Интересно, что в некоторых диалектах «комок» означало не только физический предмет, но и скупердяя — человека, который «скомкал», то есть зажал деньги. Однако, судя по распространённости фамилии в крестьянской среде, скорее всего, прозвище отражало внешность или манеру двигаться. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с именем Комок, а фамилия Комочков фиксируется в переписях по Вологодской, Костромской и Вятской губерниям. Вологодчина и соседние земли — вероятная зона, где фамилия возникла раньше всего.

С точки зрения словообразования фамилия Комочкова стоит в ряду с Комочкиным, Комковым, Комкаевым. Разница в суффиксах: -ов указывает на патроним от прозвища, -ин — на происхождение от слова женского рода или от личного имени (Комочка могло быть и женским прозвищем). В случае Комочкова основа мужского рода (комок), поэтому -ов закономерен.

Нет оснований связывать фамилию с глаголом «комкать» (мять) в значении «неряха» или «суетливый человек» — эта версия появляется в любительских словарях, но исторические источники её не подтверждают. В говорах «комкать» означало преимущественно «мять тесто» или «сбивать масло», а не «мять бумагу», так что и здесь связь с хозяйством, а не с характером.

Сегодня фамилия редкая, встречается точечно в центральных областях России и на Урале. Носительницы могут проследить корни до крестьянского сословия, где прозвища давали по самому заметному признаку — в данном случае по округлой, плотной фигуре.