Фамилия Комора звучит непривычно для русского уха, хотя корень у неё славянский. В отличие от большинства русских фамилий на -ов и -ин, она сохранила исходную форму без суффикса принадлежности — это так называемая «фамилия-прозвище» в чистом виде. Такое оформление характерно для украинской, белорусской и польской традиций, где фамилии часто оканчивались на -а, -о или согласный.

Основа фамилии — слово «комора». В восточнославянских диалектах так называли кладовую, амбар, клеть для хранения зерна или имущества. На Украине и в Беларуси «комора» — это хозяйственная постройка, часто отдельная от жилого дома. В польском языке komora имеет то же значение, а ещё может обозначать камеру или отсек. Логично предположить, что первый носитель фамилии либо жил рядом с такой постройкой, либо, что вероятнее, заведовал ею — был ключником или смотрителем амбаров в поместье или на селе. Прозвище Комора могли дать и человеку запасливому, домовитому, который «как комора» всё хранит.

Есть и другая, менее распространённая версия — связь с топонимом. На территории Польши, Украины и Чехии встречаются населённые пункты с названием Комора (Komora). В таком случае фамилия могла возникнуть как указание на выходца из этого места, по принципу «откуда родом». Однако учитывая, что слово «комора» было хорошо известно в быту, первая версия — прозвищная — выглядит убедительнее.

Словообразовательно фамилия стоит особняком. Если бы она возникла в великорусской среде, её бы «обрусели» суффиксом: Коморов или Коморин. Отсутствие суффикса — маркер юго-западного или западного происхождения. Носители фамилии Комора встречаются в основном на Украине, в южных областях России (где велико украинское влияние) и в Польше. В русских переписях фамилия редкая, что подтверждает её локальный характер.

Путать с «коморой» в значении «камера» или «тюремное помещение» не стоит: это более позднее заимствование из латыни через немецкий, а исконное славянское слово «комора» всегда имело хозяйственный, мирный смысл.