Фамилия Комовникова — женская форма фамилии Комовников, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель на -ов-ник типична для русских фамилий, образованных от названий занятий или мест: ср. Дворников, Садовников, Мельников. Суффикс -ник указывает на лицо, постоянно связанное с действием или предметом, а -ов- в данном случае — притяжательный элемент, который превращает профессиональное прозвище в фамилию. Основа здесь — «комовник».

Главная загадка — что такое «комовник». Скорее всего, это не ремесло, а прозвище, связанное с комом. В русских говорах «ком» — не только кусок чего-то, но и медведь (от «ком» как неуклюжий, косолапый). Отсюда «комовник» — человек, похожий на медведя: крупный, тяжёлый, неуклюжий. В северных и сибирских говорах слово «комовник» могло означать и медвежью берлогу, и самого зверя. Фамилия могла закрепиться за охотником, лесником или тем, кто жил в глухой местности, где водились медведи.

Есть и менее вероятная версия: от «ком» как клубка или комка пряжи. В таком случае «комовник» — прях или ткач, который сбивал шерсть в комки. Но эта версия слабее, так как профессиональные прозвища в этой среде обычно образовывались через -щик или -ец. Географически фамилия редкая, встречается в центральных и северных областях России, что косвенно подтверждает связь с лесным промыслом.

Таким образом, предок Комовниковых, вероятно, получил прозвище за внешность или поведение, напоминавшее медведя. Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская, что типично для моделей на -овников.