Фамилия Коморникова образована от прозвища Коморник. В XIII–XIX веках на территории современной Белоруссии, Украины, Литвы и Польши коморниками называли бедных крестьян, у которых не было ни своего двора, ни земли. Они жили в чужой коморке — небольшой хозяйственной постройке или каморке — и за это отрабатывали панщину, платили чинш или оказывали услуги владельцу усадьбы. Прозвище прямо указывало на социальное положение предка: он был безземельным батраком, вынужденным ютиться в чужом углу.

Слово «коморник» восходит к общеславянскому корню «комора» (камера, кладовая, клеть). В польском и белорусском языках «komornik» означало не только бедняка-квартиранта, но и судебного исполнителя (того, кто описывал имущество). Однако для фамилии Коморников более вероятно первое, бытовое значение: прозвище закрепилось за человеком именно как социальный ярлык, а не как название должности.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Коморник добавился патронимический суффикс -ов (-а). Это типичный способ создания фамилий от прозвищ и профессий: сначала прозвище Коморник, затем отчество «Коморников сын», которое со временем превратилось в наследственную фамилию. Женская форма Коморникова — это указание на принадлежность к роду Коморниковых.

Мужской вариант — Коморников — встречается значительно реже, чем однокоренные фамилии вроде Комар, Комаров или Коморный. Это объясняется узкой географией прозвища: оно было распространено в основном в западных губерниях Российской империи и на землях Речи Посполитой. Поэтому носители фамилии Коморниковы чаще всего имеют корни из Белоруссии, западной Украины или бывших польских территорий.

В отличие от фамилий, образованных от названий ремёсел (Кузнецов, Плотников), Коморников несёт не профессиональную, а социальную характеристику. Предок был не мастером, а человеком без собственного угла — что в аграрном обществе было чётким маркером низкого статуса. Со временем прозвище утратило унизительный оттенок и превратилось в обычную фамилию, сохранив для потомков память о том, как жили их предки несколько веков назад.