Фамилия Комарникова — женская форма мужской фамилии Комарников, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или профессией предка. Основа — слово «комарник». В русских говорах у этого слова было несколько значений, и чтобы понять, кем был первый носитель фамилии, нужно разобраться в каждом.

Самое вероятное объяснение: комарником называли человека, который делал комары — так в некоторых областях называли сетки или пологи от комаров, а также накомарники (головные уборы с сеткой). Прозвище могли дать ремесленнику, который плёл такие сетки, или торговцу, который ими торговал. Второй вариант: «комарник» — это место, где много комаров (болотистая местность, лес). В этом случае прозвище мог получить человек, живший в сырой, низинной местности. Третье, более редкое значение: в некоторых диалектах «комарником» называли пьяницу или беспокойного человека, который «кусается», как комар. Эта версия менее правдоподобна, так как прозвища по месту жительства и роду занятий встречаются гораздо чаще.

Суффикс -ов- в основе Комарников указывает на типичную русскую модель образования фамилий: от прозвища или профессии через притяжательное прилагательное. Комарников буквально означало «сын Комарника» или «принадлежащий Комарнику». Фамилия не относится к числу редких, но и не чрезвычайно распространена. Встречается преимущественно в центральных и северных регионах России, где были распространены болотистые леса, а значит, и сами комарники, и ремесло по изготовлению защитных сеток.

Интересно, что фамилия Комарников (и Комарникова) имеет прозрачную внутреннюю форму, но при этом не связана с фамилией Комаров. Комаров образован напрямую от слова «комар» (прозвище назойливого человека), а Комарников — от производного «комарник». Это разные словообразовательные гнёзда, хотя в бытовом сознании их часто путают. Таким образом, предок современной Комарниковой с большой долей вероятности был либо мастером, делавшим сетки от насекомых, либо жил в местах, где эти насекомые были особенно докучающими.